Харчові продукти, що містять велику кількість поживних речовин, є сприятливим середовищем для існування і розмноження мікробів. Мікрофлора, яка зустрічається в харчових продуктах, може бути специфічною і неспецифічною. Специфічна мікрофлора складається з тих мікроорганізмів, які обумовлюють смакові і поживні властивості продуктів, наприклад, молочнокислі бактерії в кисломолочних продуктах і квашених овочах. Неспецифічна мікрофлора представлена мікробами, які випадково потрапили в харчові продукти з зовнішнього середовища. Деякі з них не впливають на харчові продукти, інші роблять їх непридатними для вживання і навіть шкідливими.
Санітарно-бактеріологічне дослідження харчових продуктів проводять у плановому порядку з метою визначення відповідності продукту вимогам стандарту, тимчасовим технічним умовам (ВТУ), і іншим встановленим кондиціям, а також за епідеміологічними показниками: при харчових отруєннях, виявленні недоброякісності продукту.
Відділ бактеріології та біотехнології проводить дослідження харчових продуктів, до складу якого входить визначення загального мікробного числа, визначення БГКП (бактерій групи кишкової палички), а також контроль наявності патогенних мікробів (коагулазопозтивні стафілококи, збудники ботулізму та сальмонел), які викликають харчові токсикоінфекції у людей.
